В центре повествования — возвышение и трагический закат могущественного рода Годуновых. Всё начинается при мрачном дворе Ивана Грозного, где хитрый и умный Борис Годунов, начав с опричника, благодаря уму и браку сестры с наследником престола, становится правой рукой царя, а затем — могущественным правителем при слабом царе Фёдоре Иоанновиче. После смерти бездетного Фёдора Борис венчается на царство, но его власть зиждется на шатком фундаменте — многие видят в нём не законного монарха, а удачливого временщика.
Главная интрига разворачивается вокруг таинственной гибели малолетнего царевича Дмитрия, наследника престола, и появления самозванца, выдающего себя за чудом спасшегося князя. Эта тень прошлого, словно призрак, преследует род Годуновых, обрушивая на их головы народный гнев, боярские заговоры и страшный голод. Несмотря на попытки Бориса и его сына Фёдора удержать трон, династия рушится, погружая страну в хаос Смуты, из которого на престол выйдет уже новая фамилия — Романовы.